Templo de una sola nave construido en ladrillo y mampostería. Se cubre con bóveda de cañón y lunetos, excepto en el Presbiterio que lo hace con cúpula octogonal irregular. Coro alto a los pies.
Posee Presbiterio realzado por un gran arco triunfal apuntado peraltado. A los pies del templo quedan un resto del coro alto y de su importantísima celosía en madera, perteneciente, en su tiempo, a la comunidad para atender a las funciones litúrgicas, el cual se encuentra apoyado en ménsulas y en una columna de hierro fundido, fechado en 1765. Posee policromía y en él se puede leer: “CONCEBIDA SIN PECADO ORIGINAL”.
La entrada a esta Iglesia no es la primitiva, ya que la actual fue ejecutada por el alarife local Nicolás Carretero en 1773. Esta se encuentra realizada con ladrillos avilotados y presenta columnas toscanas. Sobre ellas, un friso decorado con metopas y triglifos y bajo los mismos nos encontramos el dintel con dos amplios portones de madera que dan acceso al templo.
Encima de la puerta, hay un frontón partido que remata con hornacina. que los ponen en relación con las obras de los Florindo. En la hornacina se alberga la imagen de Santa Clara, que da nombre al convento y a la capilla, actualmente. A ambos lados de esta hornacina aparecen dos vanos en los que se representan: un corazón inflamado coronado de llamas que simboliza el amor de Dios, que fue introducido por la compañía de Jesús; y en el otro vano, cinco llagas, que representan las heridas que sufrió Jesús en la pasión
El convento fue fundado en 1498 (o 1502, según otros) por dos hermanas viudas, Juana y Elvira González de Lucenilla y de Benjumea, hijas de Antonio González de Lucenilla y Catalina González de Benjumea.
El solar que ocupaba dicho convento hasta su extinción era una huerta, situada a 200 pasos de la localidad, propiedad de Martín González Benjumea, que la donó a las cofundadoras de la institución. Este dato resulta de gran interés a la hora de establecer el límite de la estructura urbana de Marchena a comienzos del siglo XVI, momento en que se comienza a urbanizar el barrio de San Sebastián y la actual calle Santa Clara.
El convento albergó monjas clarisas hasta 1974, año en el que se marcharon, por penuria económica a Estepa. La capilla pudo salvarse de la destrucción que sufrió la parte conventual al año siguiente, 1975.
Hoy, la capilla, es la sede de la Hermandad del Señor de la Humildad y Paciencia y Nuestra Señora de los Dolores.