Esta iglesia, convento y Colegio ocupan una gran parcela que perteneció hasta 1767 a la Compañía de Jesús. Esa es la fecha en que todos lo miembros de esta Orden religiosa fueron obligados a exclaustrarse y salir de España por orden de Carlos III, de fecha 3 de abril de 1767. Sus bienes fueron confiscados y pasaron a formar parte de lo que se llamó “Temporalidades”.
La Compañía de Jesús había sido fundada por Ignacio de Loyola quien junto a Francisco Javier, Pedro Fabro, Diego Laínez, Alfonso Salmerón y otros compañeros elaboraron una primera regla que fue aprobada por el Papa el día 27 de septiembre del año 1540….
Su fin primordial era “emplearse en la defensa y propagación de la fe y en el provecho de las almas en la vida y doctrina cristiana,”. Recordemos que en esos momentos la Iglesia estaba viviendo un cisma importante con la Reforma protestante (luterana y calvinista, principalmente). Su objetivo principal va a ser la defensa de la iglesia católica dentro del movimiento denominado contrarreforma, coincidiendo con el Concilio de Trento.
Entre sus principales tareas estaban la enseñanza, la predicación, la catequesis de niños y adultos, la administración de los sacramentos, la dirección de conciencias y la fundación, además del fomento de las congregaciones de laicos.
Con respecto a la enseñanza, comenzaron a organizar los estudios en lo que se denominó la Ratio Studiorum (dar forma y orden al programa de estudios y al currículum de materias).
El establecimiento de los jesuitas en Marchena se produjo en época muy temprana. Se barajan dos hipótesis que no se contradicen. Según la crónica del Colegio San Francisco de Borja pasó por Marchena viniendo de Montilla. María de Toledo, mujer de Luis Cristóbal Ponce de León sintió el deseo de fundar aquí un colegio a semejanzas del que acababan de fundar sus padres, los marqueses de Priego, en Montilla. La otra hipótesis está recogida en el Epistolario de Bartolomé de Bustamante. Estando en Córdoba recibió cartas de María de Toledo y de su madre para que se pasasen por Marchena. Estando aquí, le pidieron que se erigiese un Colegio para doce-catorce personas, Bustamante lo consulta con Francisco de Borja e, inmediatamente, se van a concretar los detalles de la Fundación. Los duques se comprometen a tener concluido en edificio para que pudiera entrar a habitarlo la Compañía.
Toman posesión el 18 de diciembre de 1565, siendo el primer rector el padre Diego de Avellaneda. La primera iglesia se bendijo en abril de 1567. Ocuparon una enorme parcela cercana a la puerta de Osuna, una zona llana y con abundante agua.
Debido a la importancia que la Compañía daba al estudio y a la formación, el colegio de Marchena poseía “unas escuelas de primeras letras”, aunque también se estudiaba Gramática, Retórica y Filosofía, entre otras materias.
En 1609 se funda un colegio para estudiantes pobres, en un solar cercano del Colegio de Jerónimo, por el presbítero Gonzalo Fernández. En sus constituciones se estipulaba que en el mismo enseñarían, los jesuitas, Filosofía y Moral.
Una Pragmática Sanción del 2 de abril de 1767 decretó la expulsión de los jesuitas. Dejan Marchena y se dirigen, por Jerez y Puerto de Santa María, con destino hacia Italia. Todos sus bienes materiales acumulados durante más de dos siglos serían confiscados. El conjunto de bienes temporales es lo que se conoce con el nombre de Temporalidades. Entre las fincas urbanas había casas, solares e, incluso, un molino. Las fincas rústicas eran numerosas: varias huertas, viñas y olivares, tierras dispersas por todo el término.
Tras la expulsión, ocuparon sus instalaciones se reutilizaron. La iglesia se convirtió en oratorio y el edificio se aplicó a uso educativo: escuelas de primeras letras, dos clases de Gramática y unas habitaciones para el maestro.
Desde finales del siglo XIX (1990) ocupan sus instalaciones las Terciarias franciscanas de los Sagrados Corazones
La iglesia actual fue rehabilitada a finales del siglo XX.
Las trazas de la iglesia conventual corresponden a Hernán Ruiz, interviniendo activamente Bartolomé de Bustamante.
Es un edificio de ladrillo, con tres naves. La central se cubre con cúpulas vaídas, separadas por arcos de medio punto. Las laterales se cubren con bóvedas de arista. El crucero está cubierto por una cúpula vaída con linterna sobre pilastras y columnas adosadas a media altura. Sus brazos, así como la capilla mayor, se cubren con bóvedas de cañón. Los soportes son pilares y los arcos situados entre la nave central y las laterales son apuntados. El coro alto se encuentra a los pies, donde también se encuentra la Espadaña. En el lado de la Epístola y sobre el brazo del crucero se abre una tribuna. Tiene herrajes del siglo XVI.