Retablo en madera dorada y policromada, con dos cuerpos, tres calles, separadas por pilastras y columnas estriadas, banco y culminado con un gran frontón triangular. Es obra de 1607 encargada a Alonso Matías, jesuita, ensamblador y tracista de retablos. Sus retablos se inspiran en los de El Escorial y en los del Hospital de las Cinco Llagas de Sevilla.
En el banco destacan dos grandes cartelas simulando placas de mármol.
Los laterales del primer cuerpo se ocupan, a cada lado, con dos pinturas de diferente tamaño, obras de 1599 realizadas por Alonso Vázquez. En el lado izquierdo, San José con el Niño y, en tamaño menor, la degollación de San Juan Bautista. En el lado derecho, San Juan Bautista en el desierto con el cordero y, en menor tamaño, el sueño de San José. En este último cuadro el artista representa, dentro del mismo, otra escena con la Huida a Egipto.
El segundo cuerpo lo ocupan tres pinturas de Juan de Roelas. La pintura del lado del Evangelio está dedicada a San Luis, rey de Francia, con la inscripción S. LUDOVICUS REX. Aparece revestido con manto con flores de lis, saya y corona real.
La pintura del lado de la Epístola está dedicada a San Rodrigo, mártir de Córdoba, con la inscripción SAN RUDERICUS M CORDU. El santo está revestido con casulla roja, la palma del martirio y una corona de laurel sobre la cabeza. Ambas pinturas han sido consideradas como retratos a lo divino de Luis Cristóbal Ponce de León, esposo de la fundadora del convento y de Rodrigo Ponce de León, hijo de Luis Cristóbal….
La pintura de la calle central está dedicada a la Anunciación o al misterio de la Encarnación. En el plano terreno aparece el arcángel San Gabriel anunciando a María que iba a ser la Madre de Dios.
En el plano celestial la Santísima Trinidad: el Padre Eterno, el Espíritu Santo y, en el centro, como brotando del haz de luz, el emblema de Cristo. Rodean la escena figuras angélicas portando símbolos marianos de las letanías como: Puerta del Cielo, Torre de marfil, Estrella de la mañana, Espejo de justicia.
La parte central del primer cuerpo lo ocupa una imagen de la Concepción donada por la duquesa Dª Guadalupe de Lancáster y Aveiro. La obra provenía de palacio ducal, donde era conocida como la “Ama del Cuarto” y fue entregada al colegio, en 1732, por su hijo. La obra ocupa el centro de un pequeño retablo atribuido al tallista Tomás Guisado.
El retablo posee una hornacina central rodeada por cabezas de querubines. A ambos lados, de forma simétrica tiene cuatro edículos que albergan reliquias que ya tenían los jesuitas. La parte superior se decora con dos ángeles que sostienen una cartela con una cruz y los tres clavos, restos del antiguo escudo de los jesuitas. Por encima de la cartela una corona real.
El Sagrario recoge en su puerta una pequeña pintura al cobre de la Virgen con el Niño. La Virgen se representa de perfil con la cabeza baja, orando, con las manos unidas ante su Hijo. Se atribuye al Padre Giovanni Nicolao, jesuita de Extremo Oriente que cultivaba la pintura y el grabado, además de destacar como matemático, fabricante de relojes e incluso constructor de órganos.
A ambos lados del Retablo encontramos tres pinturas de Óleo sobre lienzo:
En el lado de la Epístola: “La Virgen de Belén” (atribuida al círculo de José de Ribera), “El Niño dormido” (Anónimo).
En el lado del Evangelio, el cuadro de “Santa Isabel de Hungría curando a los tiñosos” (Anónimo).