Obra de tradición barroca con elementos neoclásicos. De autor anónimo, puede fecharse en 1790. La policromía en blanco y oro se corresponde con la estética de la época de Carlos IV.
Está realizado en madera y pintado en blanco y oro. Se compone de banco, cuerpo y ático con inicios de frontones curvos. En el cuerpo encontramos cuatro grandes columnas estriadas, de orden compuesto, ente las que se dispone un camarín donde podemos contemplar la imagen de Nuestra Señora de la Merced. El retablo tiene una estructura bastante movida, enmarcado por las potentes columnas con sus pedestales, retranqueando y curvando el muro y cuerpo que las columnas articulan con un movimiento aún barroco. Destaca la convivencia de elementos de cornucopias, de tradición rococó, con detalles clasicistas como las guirnaldas y otros de carácter heráldico como las coronas ducales.
En el ático aparece san Agustín venciendo a la Herejía de Pelagio y los pelagianos.
En el muro lateral se encuentra el sepulcro de D. Manuel Ponce de León, VI duque de Arcos, muerto en Madrid en 1693 y cuyos retos fueron trasladados aquí, en 1766, una vez se hubieron terminados las obras. En el mismo hay dos inscripciones, una de ellas de muy difícil lectura, aparece la fecha de 1696.
En el otro muro lateral del Presbiterio hay una pintura de una Piedad, de autor desconocido.
Para este retablo existió un proyecto que no llegó a ejecutarse. Se planteó la posibilidad de encargársele a Luca Giordano, en 1692 una gran pintura para el retablo y otros lienzos menores para los retablos colaterales. Dicha obra estaría muy cerca de la obra de Claudio Coello en Madrid representando la “Apoteosis de San Agustín” y que se conserva en el museo de El Prado.