El coro se sitúa a los pies de la nave central. Ha sufrido varias reformas durante los siglo XVII y XVIII. En la reforma de mediados del siglo XVIII, el coro estaba formado por trece sillas de madera de nogal procedente de la iglesia matriz. Su reforma y colocación la llevaron a cabo el maestro carpintero Juan Martín del Olmo junto con el maestro tornero Alonso de Mata.
La reforma del coro y tribuna, que vemos hoy, data de finales del siglo XIX y principios del XX.
La tribuna, formada por una balaustrada de madera, se debió construir hacia 1888, desechándose una de hierro y reponiéndose en su lugar el pequeño retablo dorado con el lienzo de la coronación de la Virgen por la Santísima Trinidad. Procedía por la tribuna del convento de san Francisco.
Sobre la tribuna se sitúa un órgano barroco construido por el organero Antonio Pilat, hacia 1835. La caja, de estilo neoclásico, cercana al estilo de Francisco de Acosta el mozo, tiene cuatro pilastras estriadas con capiteles corintios que separan los tres haces de tubos. En el ático, sobre el entablamento clásico y rematado por jarrones en sus extremos , hay otro juego de tubos. El color oscuro de la madera contrasta con el gris del conjunto de tubos. Se ha reformado varias veces, siendo la última en 1989 permitiendo su puesta en funcionamiento.