Retablo Mayor dedicado a San Sebastián, patrono de Marchena. De estilo barroco y realizado en madera pintado en blanco con cartelas y motivos dorados. Ejecutada entre 1775 y 1779 por Juan Guerra Luna, natural de Osuna. El dorado y jaspeado del retablo se le encargó a Francisco Guisado, que en esos momentos estaba trabajando en el dorado del retablo de la Virgen de los Desamparados.
Está formado por banco, cuerpos, tres calles y ático. Las calles están enmarcadas por cuatro grandes columnas de estípites de sección cuadrada. En el banco se ubica un sencillo Sagrario.
En la hornacina central, San Sebastián, en madera policromada. Obra de Gaspar del Águila de 1580. Presenta los rasgos propios de la escultura sevillana del momento: canon alargado e idealización anatómica. Se representa al santo martirizado, semidesnudo y asaeteado. La imagen ha sufrido numerosos retoques y restauraciones. La mas importante es la realizada de 1865 por el escultor Gabriel de Astorga colocándole ojos de cristal y añadiendo los dos ángeles que coronan al santo. En 1881, el escultor local Martín Ojeda le colocó al santo unas pestañas. La última restauración fue realizada en 1992 por Pérez Conde.
En las calles laterales, y sobre unas repisas, se sitúan las escultura de dos evangelistas, san Mateo y san Lucas, en madera policromada del siglo XVIII.
Por encima de la hornacina central se encuentra un manifestador con la imagen de la Inmaculada rodeada de rocalla y espejos. La Inmaculada, en madera estofada y policromada, es obra de Juan Bautista Vázquez, de finales del siglo XVI, en 1589. Se conservaba en el ex convento del Valle de Sevilla. Fue solicitada al Arzobispado en 1866 por el párroco Evaristo Montursy tras el establecimiento en la parroquia de la asociación de las Hijas de la Pureza de María necesitadas de una imagen titular. Antes de colocarse en el ubicación actual se situó en otros lugares del templo.
En el ático, se sitúa un Crucificado del siglo XVI, con un escudo a cada lado, uno con los símbolos de los esclavos de la hermandad sacramental junto a un cáliz y el otro con dos saetas, emblemas del patrón, bajo una corona real.
La reja que cierra el Presbiterio es de hierro forjado rematado con borla de jaspe. Por encima de la reja, en el arco toral, se sitúan dos ángeles lampararios. Son esculturas que por su estilo pueden datarse en la segunda mitad del siglo XVIII. Se colocaron en este lugar a mediados del siglo XX.
Anterior al retablo mayor actual existió otro en en siglo XVI. Concretamente en 1575 se contrató con el entallador Juan de Oviedo, el viejo. Fue construido en madera de borne, castaño, nogal y pino de segura. Tenía columnas de orden jónico, unidas a los traspilares y talladas hasta un tercio de su altura. El retablo contenía, además del Santo Patrón, talla y pintura cuyo número, autor y asuntos se desconocen. Esas pinturas pudieron ser obra de Juan de Zamora. Algunos autores opinan que los relieves de san Mateo y san Juan Evangelista situados en el banco del retablo de la Virgen de la Piedad formaron parte del retablo mayor que comentamos.