Se trata de un espacio de grandes dimensiones, que se cubre con una bóveda de nervaduras góticas decoradas con pinturas murales del segundo tercio del siglo XVII y que representan a ángeles músicos y cantores necesitada de una urgente restauración.
El retablo mayor es obra de la primera mitad del siglo XVII, de transición al barroco. Está formado por cinco calles y dos cuerpos, banco y ático; decorado con columnas corintias estriadas y frontones partidos; combinando escultura y pintura. En el banco aparecen escenas del sacrificio de Isaac y Sansón luchando contra el león.
En la calle central se sitúa el Sagrario con una imagen de santo Tomás de Aquino en la puerta del mismo y un santo obispo y santo Papa a ambos lados. El centro del primer cuerpo lo ocupaba un manifestador, hoy sustituido por un dosel que alberga la imagen del Santísimo Cristo de San Pedro, titular de la Hermandad que regenta el edificio. Es una escultura de autor anónimo de mediados del siglo XVI, aunque restaurado en el XIX (1865). A ambos lados del Cristo de San Pedro se sitúan esculturas de santa Elena y santa Catalina de Alejandría. En las calles laterales de ese primer cuerpo se representan pinturas del éxtasis de santa Catalina y de santa Teresa.
En el segundo cuerpo alternan pinturas y esculturas. En las calles laterales, sendos lienzos representan el éxtasis de san Francisco conducido por los ángeles y el de la Coronación de la Virgen Inmaculada, de escuela sevillana. La calle central la ocupan, de izquierda a derecha, esculturas de santo Tomás de Aquino, san Pedro Mártir, cuya cabeza es obra de Blas Hernández de 1592, y san Vicente Ferrer.
En el ático nos encontramos la imagen de santo Domingo de Guzmán en madera estofada y policromada, flanqueado por escudos de la casa ducal, patronos de este convento dominico.