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El convento de San Francisco se funda en 1530 por Diego Núñez del Prado. Lo instituyó en su propia Casa, labrando a su costa la Capilla Mayor, la Capilla del Sagrario y el Claustro Chico. Las obras del Convento concluyeron en 1550 contando, por entonces, con 26 Religiosos. Tres años más tarde, en 1533, se funda la Hermandad de la Santa Vera Cruz, que desde su origen se asienta en capilla propia dentro del convento.
La actual configuración de la capilla no corresponde con la original. En su momento esta capilla no tenía acceso desde la calle sino que se realizaba desde el interior de la iglesia del convento. El acceso desde la calle San Francisco se realizó a partir de 1846. En 1949 se retranquea la fachada para ensanchar la calle San Francisco y se modifica la espadaña de la torre quedando, desde entonces, como actualmente la conocemos.
Podemos decir que el conjunto pertenece al siglo XVI aunque con los distintos cambios efectuados. En la actualidad tiene tres naves a distintas alturas separadas por dos tramos de arcos de los que quedan completos los dos apuntados cercanos al Altar Mayor. Ocupa una parte importante de la manzana ubicándose en la misma lo que pudo ser la capilla de San Diego/San Antonio actualmente englobada en la Sala de Audiencias de los Juzgados, que conserva un bello artesonado.
Este artesonado es fiel reflejo de la importancia que tuvo la carpintería en la Marchena de los siglos XVI-XVII gracias al maestro Diego López de Arenas. La cubierta, de artesa en la nave central, y colgadizo en las laterales, debió ser rehecha en algún momento debido al mal estado. El primer tramo de la iglesia se cubre con un artesonado de cuatro faldones. Cuenta con seis retablos: el Altar Mayor, los cuatro que proceden de Santa Eulalia: Cristo de la Salud o del Pan y San José al lado del Evangelio, y San Antonio y San Francisco en el lado de la Epístola.
También, en la nave del Evangelio, a los pies, el retablo conocido como de San Juan de Letrán, recompuesto con elementos de un retablo de Gaspar del Águila y Pedro Bonilla fechado en 1586. Destacamos dentro de la capilla otros enseres e imágenes:
- La Dolorosa, en su hornacina, procedente de Santa Eulalia, del círculo de Pedro de Mena.
- El llamado Cristo Chico, que posiblemente ya procesionara en 1573 según las reglas de esa fecha “…, iendo todos los hermanos y cofrades con sus velas encendidas en processión y lleuarlas en processión la imagen de Nuestra Señora y Christo pequeño y seña…”.
- Los Exvotos.
- Los cuadros de Juan Bautista de Amiens, en los muros altos (posiblemente del claustro del convento).
- La Escala Santa, escalera penitencial con 28 escalones con alisares en melado, azul y verde y con barandilla de madera torneada, obra del siglo XVIII, situada en el lado del Evangelio.