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Los restos de esta capilla, que se han encontrado en la parte baja de la torre – campanario, debieron pertenecer a la primitiva iglesia que se fundaría en los momentos iniciales de la conquista cristiana de Marchena. Podría estar ligada a la presencia de la Orden de San Juan en la Villa de Marchena, presencia documentada a finales del siglo XIII.
De la iglesia primitiva del siglo XIII sólo podemos adscribir que mantiene una disposición no muy habitual, solo presente en los templos más primitivos del mudéjar sevillano: las capillas de San Gil, San Andrés, San Martín y San Juan de la Palma de la capital.
Así pues, es una solución limitada a las iglesias de finales del siglo XIII o de comienzos del XIV, usándose indistintamente como capilla bautismal o como capilla funeraria. Descubierta en unas obras de reforma en la base de la torre.